Interesantes preguntas

¿Cuál es el apellido de Johnny?

Ni idea, pero sabemos que empieza con C, ya que ha sido llamado como Johnny C.
No es muy importante saberlo porque quizás no exista, al igual que Devi que solo le dicen Devi D.

¿Hasta qué punto Psycho Doughboy y Mr. Eff eran entes apartes?

O fueron parte de la imaginación de Johnny, o si eran otros entes. Pero viendo que a veces hablaban entre ellos sin estar Nny presente, entonces hay más posibilidad de que sean entes apartes.

¿Nail bunny también era como los anteriores?

Lo mismo que la anterior.

¿Por qué de repente vivió Burger Boy, otro ente aparte o sólo ilusión?

¿Otro ente aparte? ¿Otro muñeco que Nny tenía y que no se había mostrado? No recuerdo mucho a ese personaje.

¿Qué simboliza y realmente singnifica "Z?" (question sleep)?

La pregunta duerme. Tal vez simbolice que la sociedad no cuestiona muchas cosas que debe cuestionar, o que vive "dormida" frente a muchas cosas que ocurren.
También podría ser un chiste como el del vomito silencioso, pero este trataría de preguntar dormido.
O tal vez no simbolice nada, la verdad no estoy seguro.

¿Cómo y en qué minuto el monstruo apareció detras de la pared?

Esto si es inexplicable. Tal vez Johnny tenga alguna conexión sobrenatural.

¿Qué sucedió explícitamente con el este al morir Johnny?

¿Habrá muerto también? Quizás tengan una conexión.

¿Happy Noodle Boy lleva el nombre a honor a él mismo?

Si, excepto por lo de happy, él no se ve nada feliz. Tal vez solo es ironía, o esté feliz por dentro.

¿Por qué, si Nny era usado por los panaderos, el Diablo lo revivió para "limpiar la tierra"?

Porque Nny mataba a cualquier estúpido o a aquel que no valiera la pena. Nny no es necesariamente un villano, sino un antiheroe, y quizás aquel diablo tampoco era necesariamente malvado.
Además no creo que hayan sido los panaderos quienes utilizaban a Nny necesariamente.

El monstruo no muere junto con Johnny, de hecho este emerge una vez que este muere, ese era el objetivo de uno de los panaderos, hacer que Johnny se matara para liberar a su amo.

Que el final de JTHM sea tan abierto probablemente es intencional, nunca se sabe, algún día podrían continuar la historia...